Er ist 1866 in Wirdum geboren. 1907 erhielt de Boer erstmals einen Lehrauftrag in Psychologie an der Universität Amsterdam. Dies legte den Grundstein für Forschung und Ausbildung in Psychologie. Obwohl in jenen Jahren der Schwerpunkt im Bereich Psychologie sehr intensiv besucht war, absolvierten nur drei Masterstudenten eine Doktorprüfung bei de Boer. Sein wichtigstes Werk, mit dem er später berühmt werden sollte, "Geschichte der Philosophie im Islam" hat er bereits 1901 verfasst. Zuletzt war er Bibliothekar an der Königlichen Bibliothek in Den Haag, wo er 1942 starb.